通常水处理设备需按特定的次序使用各种不同的清洗药品进行清洗，以获得好的清洗效果。比如首先使用低pH值的清洗除去水垢一类的物质，然后使用一种高pH值的清洗液除去有机物。但是有时也会首先使用高pH值的清洗液除去油类污垢，然后再使用一种低pH值的清洗液。有一些清洗液中还添加有洗涤剂，这将有助于清除污染严重的生物和有机杂质。其它的清洗添加有象EDTA之类的螯合剂，这些螯合剂有助于清除胶体、有机物、生物杂质和硫酸盐垢。必须记住的是选用不正确的清洗药品或清洗步骤不正确时可能会使污堵更严重。
在选择清洗水处理设备药品和使用复合聚酰胺膜时有一些注意事项：
遵守制造商建议的药品选择清单、剂量、pH值、温度和接触时间。
使用侵蚀性小的药品完成清洗工作。这些做会延长膜的使用寿命。
在调节pH值时，一定要审慎以延长膜的使用寿命。药品侵蚀性较小的pH值范围是4~10，允许的pH值范围是2~12.
酸和碱不要混合。在加入下一种溶液之前，彻底冲洗系统以排尽上一次的清洗液。
用高pH值的产水冲洗出洗涤剂。
确认遵守正确的清洗液处理要求。
